En su etapa con Paraguay, que fue de 2006 a 2011, el Tata enfrentó en cuatro ocasiones a Argentina con un saldo en contra con dos derrotas, una victoria y un empate
De esos cuatro partidos, dos fueron de Eliminatoria de la Conmebol rumbo al Mundial Sudáfrica 2010, uno de Copa América Venezuela 2007 y un amistoso
Una de las lecciones que le dejaron esos encuentros al ahora seleccionador del Tri, fue que debe de mantener el mismo ritmo en la parte complementaria que demostró en el primer tiempo
En el partido de la Copa América 2007, Paraguay estuvo cerca de superar a Argentina y se fue al descanso con el 0-0, sin embargo, al 79’ Javier Mascherano anotó el tanto del triunfo para que terminara 1-0.
En el duelo de eliminatoria en 2008, Martino logró imponer condiciones en la primera parte.
La única ocasión que el Tata supo mantener la ventaja fue en el partido de eliminatoria del 2009, Nelson Valdez anotó al 27’ y la pizarra culminó 1-0.
Mientras que en el amistoso en 2011, Argentina se fue al descanso con la ventaja de 3-1 y al final el marcador terminó 4-2.
En esos partidos, Martino enfrentó a tres técnicos diferentes: Alfio Basile, Diego Armando Maradona .
